Visualiser et comprendre les pandémies

LE LOGICIEL

Un outil open source pour l’analyse des données virales avec Python™

Pyvoa (Python Virus Open Analysis) est un ensemble de code Python™ qui fournit :

un accès simple aux bases de données sur la Covid19, ou d’autres données virales;
des outils pour représenter et analyser les données, comme des séries temporelles ou des cartes.

Cet environnement est pensé pour être accessible à des non-spécialistes : des lycéen·nes qui apprennent Python™, des étudiant·es, des journalistes scientifiques, voire même des chercheurs et chercheuses qui ne sont pas famillier·es avec l’extraction de données. Des analyses simples peuvent être directement effectuées, et des analyses plus poussées peuvent être produites par les personnes habituées à programmer en Python™.

L’outil Pyvoa assure l’accès à plusieurs bases de données et fourni un format standardisé pour les données. Il assure par ailleurs une jointure transparente avec des bases concernant géo-localisation (gestion des noms de pays ou de régions, possibilité de jointures sur des bases avec des description différentes, création de cartes). Ces informations de géolocalisation peuvent par ailleurs être utilisées pour d’autres application en dehors des aspects viraux.

Exemples

Installation

L’outil Pyvoa est pensé pour être utilisé dans un environnement jupyter, installé localement ou bien sur un serveur distant (comme le propose par exemple google colaboratory ou binder). Cela en simplifie l’installation et assure des sorties graphiques performantes avec très peu de lignes de code pour l’utilisateur comme en attestent les quelques lignes de code ci-contres et les sorties associées.

Pyvoa est un package disponible avec PyPi et donc peut être installé avec la ligne de commande suivante:

Windows
py -m pip install pyvoa
Linux/macOS
python -m pip install pyvoa

import pyvoa.front as pv
pv.setwhom('owid')                # using ourworldindata.org DataBase
pv.setgraphics(vis='matplotlib')  # using matplotlib
pv.plot(which='total_deaths',where='Europe')
pv.map(which='total_deaths',where='Europe')

LES AUTEURS